Les fonds administratifs sont constitués des archives des époques savoyardes, bernoises et de l’administration communale dès la fin de l’Ancien Régime. Jusqu’à la fin du 20e siècle, ils constituaient la quasi-totalité des archives yverdonnoises.
Documents du 17ème siècle concernant les bateliers. Parchemin 1604. Documents 1810-1813 (fonds Fornallaz) concernant transport de céréales d'Allemagne en France par terre et eau. Correspondance entre Daniel Cornaz de Neuchâtel, négociant, et plusieurs transporteurs et marchands : Pillichody et Constançon, Wirtz, Stokar et Egloff, Renevier, Bethfort, Wessel et Garnier, Dufresne et Degrange, Conrad Stoffel. Le grain est transporté entre Schaffhouse et Avignon. Les correspondants sont à Morges, Yverdon, Lindau, Schaffhouse, Lyon. Conrad Stoffel Peyer et de Mandach
Correspondance concernant les tarifs, les conflits entre Yverdon et les canalistes (1676 et 1641, 1644 et 1655), conflit Port d'Orbe (1604, 1625-1631), navigation jusqu'à Soleure (1719, 1722, 1742-1749, 1789), passeport Neuchâtel (1838), proposition André du Plessis concernant navigation (1680), pont de Gleyres (1682), plans du pont, L. Landry (s.d., 1814). Documents épars : transport sels (1649), règlement port et navigation 1686, règlement et ordonnance intendants du canal-ville et compagnie des bateliers (1676), navigation sur l'Orbe (1693), décompte (1683), serment des bateliers (s.d.), concession pour les entrepreneurs du canaldivers (1698, 1701)
Correspondance concernant le pont de Gleyres: heurtement (1688), conflit (1749-1750), réfection (1817), heurtement et conflit (1749-1765), conflit (1736), route Entreroches - Morges : pétition ( 1757), eau des Moulins, écluses (1780), Orbe - Yverdon, conflits ( 1680-1818), dégâts à la digue par les bateaux ( 1752-1753), propagande (1738)
Correspondance concernant la navigation sur le lac (1683), Yverdon - Soleure ( 1742-1743, 1789), Aar, accord avec Soleure (1625, 1780, 1782), Pont d'Orbe, le Mothey (1626-1633, 1654), les conflits bateliers - canalistes (1652, 1697, 1736-1740), Règlement du canal (1676, 1686), Supplication Orbe contre Yverdon (1615, 1631), les conflits des canalistes contre Orbe et Yverdon (1693), Anciens titres (copies) (1382, 1613-1693, 1382-1693 (copie de 1749)), Extrait Registre du Conseil d'Yverdon (1716), Barque n'ayant pas respecté règlement (1741), Querelle concernant razel (rasel) à Yverdon (1639)
Conventions pour la construction et des transformations, amodiations, inventaires, niveau de la source (1849). Liste des documents établie en 2002 par Christian Schülé à l'intérieur. Amodiation du logis de la maison de ville et des bains, 1748.
Fossés de Gravaz (1689-1748), des Chenevières (Treycovagnes) (1870-1877), des bains (1719-1751), curage des fossés (Mauterreau, Bains, etc) (1722-1853)
Documents concernant le litige sur le prix et l'impôt sur le vin: extraits de registres, décisions plus anciennes, extraits d'autres communes confirmant leur pratique.
Comptes des matériaux vendus par les maisonneurs 1760-1783, présentés devant les conseils. Contient de nombreux noms de bourgeois et l'indication de ce qu'ils ont achetés (type de matériaux et quantité).
Dossier concernant le Journal d'Yverdon constitué par John Landry, notamment à l'occasion du 150e anniversaire du journal en 1923: notice sur le Journal d'Yverdon parue dans Les Archives de l'Imprimerie, suppléments spéciaux, correspondance liée aux débuts de la Feuille d'avis d'Yverdon: démêlés (R 97) (dès 1773), anciennes feuilles d'avis non yverdonnoises, notes sur la typographie yverdonnoise dès 1619 (imprimerie de la Société helvétique caldoresque).
Conflit entre Christin-Perceret et la Municipalité d'Yverdon au sujet d'un bois au bas de la côte de Sermuz dont Christin revendique la propriété. Christin reproche à la ville de détériorer cette parcelle en exploitant ses bois.
Diverses brochures, cf. 6.1 Recueil de pièces concernant le Service des incendies, 1901-1907. Inventaire et police d'assurance pour les Moulins, 1842. Incendie Café des Négociants, 1895. Incendie Vermont, 1896. PV de la commission des pompes, 1845-1850. Incendie, répertoire du personnel, 1868-?
Ordre de service reçus par Jeannin (1808-1870), capitaine des carabiniers d'élite, 5e arrondissement militaire (1847-1848). Lettre de démission du capitaine Jeannin, 1858. Deux documents de 1769 et 1772 (certificat bonne conduite Rodolph Mottet) sans rapport avec le dossier.