Le repreneur de l'atelier Schlemmer, Jean-François Gailloud, a remis le fonds qui se trouve aux Archives de Montreux à la Commune de Montreux dans les années 1990. Un contact avait été établi également avec l'Association pour la Protection des sites montreusiens, qui a vraisemblablement pris le fonds Schlemmer sous sa protection avant de le remettre aux Archives communales.

Le fonds, estimé à 40'000 négatifs, est accompagné des carnets de commande, avec des numéros d'ordre, des dates et des commanditaires des différents clichés contenus dans le fonds.

De par son état sanitaire, le fonds Schlemmer n'a pas pu intégrer les nouveaux locaux des Archives communales à Clarens. La Commune a alors décidé de l'entreposer dans des abris de la protection civile au Collège Rambert, à Clarens.

En 2013, les Archives ont déplacé une partie de ce fonds dans le leur local à l'Avenue des Alpes, pour traitement, la moitié du fonds étant restée dans le dépôt du Collège Rambert.

En 2015, les Archives ont entrepris une évaluation du fonds, et notamment des supports nitrate fortement dégradés. A la faveur de ce traitement, il a été établi que le fonds a été disséminé dans plusieurs institutions:

Le Musée de l'Élysée, à Lausanne , qui compte environ 600 tirages de Jean Schlemmer dans la "Collection vaudoise". Selon le musée, Jean Schlemmer, puis sa veuve, on fait don de deux lots de tirages à la collection iconographiques vaudoise, dans les années 1970 et au décès de Jean Schlemmer. Les recherches menées par le Musée de l'Élysée concernant les éventuels ayant-droits se sont arrêtées en 2005 à Oron, avec le décès de Mme Veuve Schlemmer. Rodolphe Schlemmer avait par ailleurs un deuxième fils, Marcel, dont il faudrait également chercher à retrouver la trace. Dans tous les cas, il faut s'adresser à la justice de paix pour des cas similaires.

Le Musée de l'Appareil photographique, à Vevey , compte 2 boîtes de "fonds Schlemmer", des négatifs, mais également des tirages et des tampons signifiant les droits de reproduction. Le Musée de l'Appareil photographique ne connaît pas les modalités d'entrée de ce fonds. Selon le Musée de l'Élysée, le musée de Vevey aurait fait une exposition consacrée aux Schlemmer dans les années 1990 et il est alors fort probable que les objets encore en possession du Musée de l'Appareil photographiques soit le matériel utilisé pour cet événement.

Le Musée de Montreux possède également un "fonds Schlemmer" constitué majoritairement de films privés, de la famille.

Enfin, selon le site www.foto-ch.ch, plusieurs institutions se sont annoncées comme ayant des travaux de Rodolphe Schlemmer: le Museum für Kommunikation, à Berne ainsi que la Graphische Sammlung de la Nationalbibliothek.
À ce jour, il semblerait que les Archives de Montreux soient en possession du fonds le plus complet des négatifs.