Les fonds administratifs sont regroupés en deux sections selon le mode de classement adopté : le classement Michaud et le classement continu. Le premier a été mis en place par Léon Michaud à partir d’un modèle des Archives cantonales vaudoises. Entre 1958 et 1968 Léon Michaud a remis en ordre les archives en partant du travail effectué par John Landry et Alfred Lecoultre entre 1920 et 1922, dont il restait surtout l’inventaire de 1922. Celui-ci décrivait le contenu des armoires du dépôt par rayon, casier ou tiroir mais ne mentionnait pas les cotes.

Léon Michaud a inventorié ce qui était déjà considéré comme le fonds ancien d’Yverdon. Sauf pour quelques séries, son classement est fermé et ses têtes de chapitres représentées par des lettres. Quelques documents postérieurs à 1920 y ont été intégrés dans les années 70, mais la démarche n’a pas été poursuivie car l’essentiel des archives du XXe siècle était dispersé dans les locaux des différents Services de la ville. L’enquête réalisée par Daniel de Raemy entre 1997 et 2000 a permis de localiser et d’évaluer la longueur de tous ces fonds (ACY, Z 10).

Les documents postérieurs à 1920 ont été traités dès 2001 après la création d’un poste d’archiviste dans l’administration communale. Pour le classement de ces nouvelles archives, le choix s’est porté sur un système de classement continu plutôt que thématique. Solution qui offre la souplesse nécessaire pour une utilisation rationnelle des zones de rangement et qui permet de se distancer d’une structure. Dès le début, les notices de l’inventaire ont été créées numériquement dans le logiciel FileMaker. Nonobstant l’absence de liens hiérarchiques, elles étaient conçues pour respecter les champs de description des normes internationales de description archivistiques (normes ISAD et ISAAR).

Les cotes se composent des lettres CN, pour continu, suivies d’un numéro d’ordre croissant, en commençant par 1. Pour les formats dépassant la boîte folio, le préfixe CNg, suivi d’un numéro d’ordre commençant à 1 a été créé. Chaque dossier de la série des mises à l’enquête (Police des constructions) a reçu le préfixe ME suivi du numéro attribué par le service (nombre croissant dès la création de la série). Les supports d’archives audiovisuelles (films, cassettes, puis document numérique) ont reçu le préfixe AV, tandis que les plans de grand format sont identifiés avec la cote GF.

Solution provisoire, la base de données FileMaker a été utilisée pendant près de vingt ans et a recueilli plus de dix-huit mille notices. Dès 2018, les données ont été migrées sur la plateforme Vaud archives communales et structurées dans une hiérarchie par niveaux afin de correspondre entièrement aux normes de l’ICA (Conseil international des archives). Cette hiérarchie correspond autant que possible au classement Michaud. Toutefois l’évolution des tâches assumées par l’administration communale nécessite une adaptation des intitulés de sections. Celles-ci sont identifiées par les lettres A à T.

Le classement Michaud et le classement continu fonctionnent en parallèle. Bien qu’il se présente comme un ensemble des documents anciens d’Yverdon, quelques séries du classement Michaud continuent d’être alimentées parce qu’elles se poursuivent sans discontinuité depuis plusieurs siècles. Les principales sont les procès-verbaux de la Municipalité (Ab) et du Conseil communal (Aa) ainsi que les comptes (Ba). A contrario, le classement continu intègre aussi des documents plus anciens que 1920 puisqu’il est utilisé pour la description de fonds archivés à partir de 2001 quelle que soit l’ancienneté des documents qui les composent ; c’est par exemple le cas du fonds Petitmaître, dont les documents s’étendent des années 1850 à 2014.